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chi-biotech 转录组测序


  转录组作为基因组的功能元件,包括了多种不同类别的分子,如mRNA,miRNA,lncRNA,cirRNA,rRNA,tRNA,piRNA等。每一类分子在生理响应过程中都发挥了重要的作用。理解这些分子的调控对于更好理解功能基因组极为关键。通过转录组高通量测序技术,比较不同组织、细胞之间的转录组层面的表达量变化或结构变异(如cSNP、可变剪接、融合基因等),可以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制。


技术参数



样本
类型

总量&浓度

文库类型

目标RNA富集方式

推荐数据量

测序策略

项目周期

数字基因表达谱(DGE)

Total 
RNA

基因组DNA

普通转录组文库

Olig dT磁珠调取mRNA

≥3G clean data

HiSeq

PE150

35个工作日

真核转录组

m≥30 μg,c≥100 ng/μL

普通转录组文库

Olig dT磁珠调取mRNA

≥8G clean data

HiSeq

PE150

35个工作日

原核转录组

PacBio为主,与HiSeq等其他平台结合

普通转录组文库/链特异性文库

Ribozero试剂盒去除rRNA

≥2G clean data (有参)

≥3G clean data(无参)

HiSeq 

PE150

35个工作日

miRNA

m≥3 μg

c≥200 ng/μL

Small RNA文库

 

≥10M reads

HiSeq 

SE50

35个工作日

lncRNA

m≥4 μg

c≥120 ng/μL

链特异性文库

Ribozero试剂盒去除rRNA

≥12G clean data

HiSeq

PE150

45个工作日




生物信息分析内容